Una particolarità di questa razza consiste nella sua totale o quasi incapacità di produrre la proteina FelD1. Questa proteina, prodotta dalle ghiandole sebacee e presente in concentrazioni elevate nella saliva dei gatti, è la principale responsabile delle reazioni allergiche degli esseri umani. Non è il pelo, come spesso erroneamente si crede, a scatenare le reazioni allergiche, ma principalmente  questa proteina che il gatto deposita sul proprio mantello durante le consuete operazioni di pulizia. La ridotta (e in alcuni casi nulla) produzione di FelD1 da parte del gatto siberiano lo rende, di fatto, una razza IPOALLERGENICA, cioè che da poche o lievi reazioni allergiche (ma NON anallergica) ed è per questo motivo che si consiglia sempre alle persone allergiche di effettuare sempre "prove allergiche" in allevamento prima di prenotare un cucciolo.

Il tasso di produzione della proteina FelD1 è controllata dal testosterone ed è importante nell'ambito dei feromoni, in particolare viene emesso dalle ghiandole sebacee, salivari e anali. Il muso ne è particolarmente ricco. Nel gatto sterilizzato la percentuale decresce. Non è ancora stato stabilito se l'allergia sia scaturita dalla sensibilizzazione all'allergene dovuto all'esposizione oppure se si è geneticamente predisposti.  

Una volta che l'allergico ha sviluppato la sua malattia ogni esposizione all'allergene ne provoca i sintomi. In uno studio è stato dimostrato che i bambini messi a contatto con l'allergene durante il primo anno di vita sono meno soggetti a sviluppare allergie da adulti.